Doxygen は C++、C、ジャワのためのドキュメンテーション システム Objective-C、Python、IDL (Corba とマイクロソフトの味）、Fortran、VHDL、PHP は、c#、およびいくつかの程度の dそれは文書化されたソース ファイルのセットから、オンライン文書ブラウザー （HTML） および/または ($mbox {ラテックス} $) でオフラインのリファレンスマニュアルを生成できます。HTML、RTF （MS ワード）、PostScript、ハイパーリンクが設定された PDF で出力を生成する圧縮のサポートはまたと Unix マニュアル ページ。
